Pokémon irrecuperabili
Nei giochi Pokémon sono presenti diversi Pokémon che possono essere mancati in maniera permanente. Essi sono potenzialmente ottenibili dal giocatore, ma potrebbero divenire irreperibili in via definitiva a seconda delle circostanze.
Anche se il giocatore non riesce ad ottenere un certo Pokémon nella sua partita, può comunque ottenere quella stessa specie di Pokémon tramite scambio o trasferimento con altri giocatori.
Pokémon regalo
- Articolo principale: Pokémon regalo
La maggior parte dei Pokémon regalo è ottenibile solo una volta per partita. Alcuni di questi Pokémon, così come i loro eventuali stadi evolutivi, non sono disponibili da nessun'altra parte nel gioco, eccezion fatta per scambi, trasferimenti o allevamento del Pokémon regalo una volta ottenuto. Perciò, se il giocatore perde uno di questi Pokémon liberandolo o scambiandolo senza prima allevarlo, esso e la sua famiglia evolutiva non saranno più disponibili nella partita corrente.
Ad esempio, in diversi giochi Pokémon, l'unico modo per ottenere un Pokémon iniziale della regione corrente, all'infuori di scambi e trasferimenti con altri giochi, è sceglierlo all'inizio della partita. In alcuni giochi da Smeraldo in poi, è anche possibile ottenere uno o più Pokémon iniziali di altre regioni in regalo. Se il giocatore lo libera o lo scambia senza prima allevarlo, esso e la sua famiglia evolutiva non saranno più disponibili nella partita corrente.
Per fare un altro esempio, in Rosso Fuoco e Verde Foglia, il giocatore può scegliere tra il ricevere un Hitmonlee o un Hitmonchan. Il giocatore deve allora allevarlo per ottenere un Tyrogue, che può evolversi in uno di questi due Pokémon, così come in un Hitmontop. Se il giocatore ottiene Hitmonlee o Hitmonchan ma poi lo libera o lo scambia senza allevarlo, allora l'intera famiglia evolutiva (Tyrogue, Hitmonlee, Hitmonchan e Hitmontop) diverrà inottenibile nella partita corrente.
Bulbasaur (Pokémon Giallo)
In Giallo, al giocatore potrebbe venire permanentemente impedito di ricevere l'unico Bulbasaur disponibile. Per ricevere questo Bulbasaur, il Pikachu iniziale del giocatore deve avere un valore d'affetto di almeno 147. Se il Pikachu iniziale viene scambiato o spedito alla Banca Pokémon dalla versione Virtual Console prima che il suo affetto venga aumentato fino al valore richiesto, il giocatore non sarà più in grado di ricevere il Bulbasaur.
Se il Pikachu iniziale viene riscambiato nella sua partita originale di Pokémon Giallo, il suo affetto può essere aumentato normalmente. Tuttavia, ciò potrebbe non essere possibile in certe circostanze, ad esempio se si è evoluto in un Raichu o se è stato liberato in un altro gioco. Inoltre, non può essere riottenuto una volta spedito alla Banca Pokémon.
In alternativa, anche se il Pikachu iniziale non è disponibile, se qualsiasi altro Pikachu con lo stesso nome dell'Allenatore Originale e il suo stesso numero ID Allenatore viene ottenuto da un qualsiasi gioco di prima e seconda generazione, esso verrà letto dal gioco come il Pikachu originale della partita di Pokémon Giallo e il suo affetto potrà essere aumentato normalmente per poter ricevere Bulbasaur.
 Bulbasaur  
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 Ivysaur
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 Venusaur
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Pokémon selvatici da eventi in-game
- Articolo principale: Elenco dei Pokémon selvatici da eventi in-game
Esistono diverse lotte contro Pokémon selvatici che compaiono grazie ad eventi in-game. Essi includono alcuni Pokémon leggendari e altri Pokémon visibili in overworld, così come i Pokémon itineranti.
Nella maggior parte dei giochi della serie principale, vi è solo un Pokémon leggendario della sua specie. In alcuni casi è anche presente una selezione limitata di altri Pokémon selvatici da eventi in-game. Ad esempio, ci sono soltanto due Snorlax in Rosso, Blu, Giallo, Rosso Fuoco e Verde Foglia, o un solo Sudowoodo in Oro, Argento, Cristallo, Oro HeartGold e Argento SoulSilver. Il giocatore può allevare diversi di questi Pokémon per ottenere più Pokémon della stessa specie, anche se ciò non è possibile con i Pokémon leggendari.
- In qualsiasi gioco precedente a Platino, se il giocatore sconfigge la maggior parte di questi Pokémon, essi non compariranno di nuovo.
- Le singole eccezioni sono Spiritomb in Diamante e Perla e i Pokémon che compaiono a seconda dei giorni della settimana, come Lapras di venerdì in Oro, Argento, Cristallo, Oro HeartGold e Argento SoulSilver, o Drifloon, sempre di venerdì, in Diamante, Perla e Platino.
- In prima e seconda generazione, se il giocatore fugge da questi Pokémon, essi diverranno permanentemente irreperibili. A partire dalla terza generazione, i Pokémon leggendari riappaiono se il giocatore fugge, ma altri Pokémon possono comunque divenire permanentemente irrecuperabili.
- Oltre a ciò, anche dopo che il giocatore ottiene uno di questi Pokémon, questo potrà comunque perderlo liberandolo o scambiandolo.
Falsi strumenti
In alcuni giochi sono presenti Voltorb, Electrode, Foongus e Amoonguss camuffati da strumenti. Essi non riappaiono se vengono sconfitti, ma in molti casi altri Pokémon della stessa specie possono essere trovati altrove nei relativi giochi. Tuttavia, in Ultrasole e Ultraluna, gli unici Electrode disponibili sono quelli camuffati da strumenti nel Castello Team Rocket, quindi se vengono sconfitti o saltati non potranno più essere recuperati, in quanto l'area non potrà più essere visitabile dopo aver sconfitto Giovanni. Questo è anche l'unico modo per ottenere un Electrode contenuto in una UC Ball. In aggiunta, l'unico modo per ottenere Voltorb è allevare questi Electrode con un Ditto.
Bug dei Pokémon itineranti (Pokémon Rosso Fuoco e Verde Foglia)
A causa di una svista in Rosso Fuoco e Verde Foglia, se il Raikou o l'Entei selvatico usa Boato per terminare la lotta, quel Pokémon sarà irrecuperabile nella partita corrente. Suicune non ne viene affetto in quanto non possiede Boato nel suo moveset quando viene incontrato in questi giochi.
 Raikou 
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 Entei 
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Pokémon reciprocamente esclusivi
- Articolo principale: Pokémon reciprocamente esclusivi
In alcuni casi, ci sono diversi Pokémon potenzialmente disponibili in una partita dei quali il giocatore deve sceglierne uno soltanto. Essi includono molti trii di Pokémon iniziali, diversi Pokémon fossili e in alcuni casi Pokémon leggendari.
Ad esempio, il giocatore è in grado di scegliere uno tra Bulbasaur, Charmander e Squirtle come suo Pokémon iniziale in Rosso, Blu, Giallo, Rosso Fuoco e Verde Foglia; egli può anche scegliere uno di questi Pokémon come regalo dal Professor Oak in Oro HeartGold e Argento SoulSilver, dal Professor Platan in X e Y e da Maxi Oak in Pokémon HOME.
Scarsità di strumenti
In alcuni giochi è presente una selezione limitata di certe pietre evolutive o incensi. Se il giocatore perde alcuni di questi strumenti, gli stadi evolutivi dei rispettivi Pokémon potrebbero divenire irrecuperabili all'infuori degli scambi.
Il giocatore può perdere questi strumenti vendendoli e buttandoli, oppure scambiando o liberando un Pokémon che ne tiene uno. Alcune mosse, come Lancio e Raggiro, possono potenzialmente far perdere al Pokémon lo strumento tenuto. In aggiunta, le pietre evolutive vengono consumate se utilizzate per far evolvere un Pokémon; una volta che tutte le pietre evolutive di un certo tipo vengono usate, il giocatore non sarà più in grado di far evolvere i rispettivi Pokémon nella partita corrente.
Alcuni esempi:
- Ci sono cinque Pietrelunari disponibili nei giochi di prima generazione, le quali sono più che abbastanza per far evolvere i quattro Pokémon compatibili in questi giochi (Nidorina, Nidorino, Clefairy e Jigglypuff). Tuttavia, se il giocatore fa evolvere la stessa specie di Pokémon per più volte, le altre evoluzioni potrebbero diventare irrecuperabili nella partita corrente.
- In Oro e Argento, diversi Pokémon possono evolversi con Pietrafocaia, Pietraidrica, Pietratuono e Pietrasolare, ma ognuna di queste pietre è disponibile una sola volta per partita (escludendo scambi e Dono Segreto), quindi il giocatore non sarà in grado di ottenere tutte le evoluzioni disponibili in una singola partita.
- In Rubino, Zaffiro e Smeraldo c'è soltanto un Marearoma disponibile e l'unico modo per ottenere Azurill in questi giochi all'infuori dello scambio è allevare un Marill o un Azumarill che tengono questo strumento. Per via di ciò, se il giocatore perde il Marearoma, non potrà più ottenere un Azurill nella partita corrente.
Pokémon evento
- Articolo principale: Pokémon evento
Alcuni Pokémon, inclusi i Pokémon misteriosi, sono stati distribuiti tramite eventi nella vita reale, così come tramite Wi-Fi, Nintendo Network o codice seriale. A volte, i Pokémon sono stati distribuiti direttamente, ma talvolta poteva essere distribuito uno strumento che avrebbe consentito al giocatore di incontrare il Pokémon relativo nel gioco. Questi Pokémon e strumenti sono diventati inottenibili una volta che i rispettivi eventi sono terminati e, inoltre, gli eventi nella vita reale sono stati limitati in alcune regioni, rendendoli di fatto inottenibili altrove.
Solitamente, questi Pokémon e strumenti sono stati distribuiti soltanto per alcuni degli ultimi giochi, sebbene qualche Pokémon misterioso tra i meno recenti, come Mew, sia stato distribuito ripetutamente in nuovi eventi ad ogni generazione. Se qualcuno inizia una nuova partita su una console più vecchia, come il Game Boy o il Game Boy Advance, potrebbe non avere accesso ad alcun Pokémon degli eventi passati, tranne che per l'eventuale utilizzo di scambi o trucchi.