Le Zone Safari sono delle speciali riserve naturali presenti in diverse regioni che ospitano molti Pokémon rari. L'ingresso in tutte le Zone Safari costa 500, in cambio dei quali si ottengono un certo periodo di tempo da trascorrervi e 30 Safari Ball, che potranno essere utilizzate per catturare i Pokémon selvatici in esse incontrati. La caratteristica più peculiare di queste aree, tuttavia, è il fatto che i Pokémon incontrati non vanno affrontati in lotta, ma devono essere catturati senza danneggiarli. I Pokémon incontrati nelle Zone Safari possono fuggire liberamente.

Esistono delle Zone Safari in queste regioni:

Il Parco Nazionale di Johto ha diverse somiglianze con una Zona Safari: è una riserva naturale per Pokémon, e la Gara Pigliamosche che vi ha luogo tre volte alla settimana è molto simile ad un Gioco Safari.