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Dalle Versioni 1.3.10 (Pokémon Shuffle)/1.6.4 (Pokémon Shuffle Mobile) in avanti è possibile far salire di livello le abilità dei Pokémon, fino al livello 5. A seconda dell'abilità, l'aumento di livello può aumentare le possibilità che l'abilità si attivi o il moltiplicatore di danno quando l'abilità si attiva.
Le abilità salgono di livello riempiendo la barra dell'abilità. I {{DL|Pokémon Shuffle|potenziamenti}} Abilità ↑ S/M/L riempiono di 3/10/30 punti la barra dell'abilità di un Pokémon. Questi potenziamenti si possono ottenere generalmente nel {{DL|Livelli speciali|Livello
Nella tabella sottostante sono indicati i punti abilità necessari per portare ogni abilità al livello successivo, suddivisi per numero di punti abilità per portarle al livello 5.
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